Au Nouveau Mexique, un shérif local découvre le cadavre d'un homme au milieu du désert. Cet homme semble s'être suicidé avec son révolver, une mallette dotée de cinq cents mille dollars à côté de lui... Après l'autopsie, il découvre un numéro de téléphone, et prend contact avec une voix féminine qui l'invite à rapidement le rejoindre. Il décide de remplacer la victime pour essayer de résoudre l'énigme et trouver son assassin. Il se trouve bientôt aux prises avec des marchands d'armes, le FBI et la CIA, rencontre des personnages aux passés troubles et avance en terrain miné pour découvrir la vérité.
La harpe chantante possède le don d'offrir la joie, la beauté et le bonheur autour d'elle, protégeant la Vallée enchantée. Mais une sombre nuit, elle est enlevée par un inconnu. La vallée n'étant plus protégée par un charme, elle périclite. Mickey revient du village et déclare avoir acheté des haricots magiques, ce qui déplait à Donald. Mickey devait les planter à la pleine lune. Les haricots poussent une fois la nuit tombée. La maison est alors emmenée dans les nuages, ses occupants endormis risquant de tomber à maintes reprises. À leur réveil, ils se retrouvent face à un château au milieu des nuages.
Embers se déroule plus d'un dizaine d'années après Assassin's Creed: Revelations et suit un Ezio Auditore plus vieux, qui vit maintenant à Florence avec sa famille : sa femme, Sofia Sartor, avec laquelle il a eu un fille, Flavia et un fils, Marcello. Ezio sent son heure arriver et ne sait comment dire adieu à sa femme.