Le Professeur Abel sait qu'il va mourir : son coeur ne tiendra pas longtemps. Son cerveau, lui, est en parfait état de fonctionnement. La meilleure preuve en est qu'il vient de parvenir à maintenir en vie la tête tranchée d'un chien. Le Dr. Odd, à qui il explique cet exploit scientifique, le presse de tenter l'expérience sur des humains. Odd pratique bientôt la décapitation du professeur, dont il maintient la tête en vie, espérant bien lui arracher quelques secrets. La prochaine entreprise de ce déséquilibré sera de greffer la tête de la ravissante Irène, dont le corps est difforme, sur celui, superbe, d'une danseuse...
Dans les années 1950 en Italie, un professeur à la retraite, Umberto Domenico Ferrari, souffre d'une pension insuffisante pour vivre. Habitant, avec son chien Flyke, chez une logeuse intransigeante, il essaie de trouver les fonds nécessaires au paiement de son loyer. Pour cela, il doit se démunir petit à petit de tout ce qui lui tient à cœur. Malgré ses efforts, il ne parvient toujours pas à rembourser ses dettes. Il se prétend alors malade, et parvient à dormir gratuitement à l'hôpital. De retour dans sa chambre, il s'aperçoit qu'elle est en train d'être transformée en salon et que son chien est absent. Il part à sa recherche et le retrouve dans un chenil proche. Umberto demande alors à ses connaissances de lui prêter de l'argent, mais toutes feignent d'être pressées. Ces refus obligent le vieil homme à envisager quelque chose de terrible pour lui, la mendicité. Mais, trop fier pour être vu en train de faire la manche, il semble prêt à se suicider...
La harpe chantante possède le don d'offrir la joie, la beauté et le bonheur autour d'elle, protégeant la Vallée enchantée. Mais une sombre nuit, elle est enlevée par un inconnu. La vallée n'étant plus protégée par un charme, elle périclite. Mickey revient du village et déclare avoir acheté des haricots magiques, ce qui déplait à Donald. Mickey devait les planter à la pleine lune. Les haricots poussent une fois la nuit tombée. La maison est alors emmenée dans les nuages, ses occupants endormis risquant de tomber à maintes reprises. À leur réveil, ils se retrouvent face à un château au milieu des nuages.
Embers se déroule plus d'un dizaine d'années après Assassin's Creed: Revelations et suit un Ezio Auditore plus vieux, qui vit maintenant à Florence avec sa famille : sa femme, Sofia Sartor, avec laquelle il a eu un fille, Flavia et un fils, Marcello. Ezio sent son heure arriver et ne sait comment dire adieu à sa femme.