Accidentellement cryogénisé le 31 décembre 1999 alors qu'il livrait une pizza, Fry se réveille 1000 ans plus tard à New York. À l'aube de l'an 3000, le monde a bien changé, peuplé de robots et d'extraterrestres. Le jeune homme retrouve l'un de ses descendants qui l'engage lui et ses nouveaux amis, Leela et Bender, au Planet Express, une entreprise de livraison. Ensemble, ils vont devoir faire face à de périlleuses et délirantes missions dans un monde des plus surprenants.
À Rome, le général Marcus Vinicius rencontre Lygia, une esclave, dont il tombe amoureux. Mais elle est chrétienne et ne veut rien avoir à faire avec un homme de guerre. Marcus la rachète pourtant à l'empereur Néron, mais elle s'échappe avec l'aide d'un ami. En la retrouvant, Marcus va apprendre à connaître les Chrétiens.
Tom Witzky, ouvrier dans la banlieue de Chicago, mène une vie de père de famille tout à fait ordinaire. Lors d'une soirée entre amis, Tom accepte, par jeu, une séance d'hypnose. Plus tard dans la nuit, il est assailli par des visions, des rêves troublants. De jour en jour, il voit toujours davantage de choses qu'il est incapable d'expliquer, entend des voix qu'il ne peut ignorer. Inexorablement, sa vie bascule. Bientôt, les visions de Tom deviennent réalité. Il voit sa famille en danger, il voit la mort...
En 2029, un groupe d'astronautes entraîne sur la station orbitale Oberon des singes pour remplacer l'homme dans des explorations spatiales à haut risque. Suite à la réception d'étranges signaux, les astronautes envoient le chimpanzé Pericles afin d'en connaître l'origine. Toutes les communications entre le primate et la station sont subitement interrompues et le vaisseau disparaît des radars. Désobéissant à ses supérieurs, Leo Davidson embarque dans un des vaisseaux expérimentaux pour aller porter secours à Pericles. Tout comme lui, il perd le contrôle des commandes et s'écrase dans les marais d'une forêt tropicale. L'intrépide pilote voit alors un groupe d'humains affolés foncer droit sur lui, et se fait capturer par des chimpanzés parlants. Qu'est-il arrivé sur cette planète pour que des singes en viennent à dominer la race humaine ?
Les douze dernières heures de la vie du Christ. Rendu au Mont des Oliviers, Jésus prie après avoir partagé un dernier repas avec ses apôtres. Il résiste maintenant aux tentations de Satan. Trahi par Judas, Jésus est arrêté et emmené à Jérusalem, où les chefs des Pharisiens l’accusent de blasphème et lui font un procès qui a pour issue sa condamnation à mort…