23 août 1939. L'Europe craint une guerre imminente. Hitler et Staline signe le pacte germano-soviétique (de non-agression). Parallèlement, un agent estonien est assassiné. Des sources russes prétendent qu'il y a un traîte dans les rangs. Feliks Kangur, un espion estonien, est chargé de découvrir l'identité de l'agent double.

Au XVème siècle, dans l'ancienne Tallinn, le jeune apothicaire Melchior est connu pour son esprit éclairé et son ingéniosité. Après le meurtre sauvage d’un haut responsable de l'Ordre des chevaliers teutoniques retrouvé décapité, le commandant de la garnison lui confie la tâche de débusquer l’assassin. Sans lien apparent, le prieur du monastère meurt empoisonné quelques jours plus tard. Alors que le mystère s’épaissit, Melchior est encore loin de soupçonner que son enquête va le mener sur la trace d'un des secrets les mieux gardés de l'église catholique.