Les aventures du Docteur, un extraterrestre, un Seigneur du Temps originaire de la planète Gallifrey, qui voyage à bord d'un TARDIS (Temps À Relativité Dimensionnelle Inter-Spatiale), une machine pouvant voyager dans l'espace et dans le temps. Le TARDIS a l'apparence d'une cabine de police (construction typiquement britannique ressemblant à une cabine téléphonique), le système de camouflage étant resté bloqué. Comme tous les Seigneur du Temps, le Docteur possède treize vies, ce qui explique sa capacité à changer de corps lorsqu'il est proche de la mort.

Après la mort de Boromir et la disparition de Gandalf, la Communauté s'est scindée en trois. Perdus dans les collines d'Emyn Muil, Frodon et Sam découvrent qu'ils sont suivis par Gollum, une créature versatile corrompue par l'Anneau. Celui-ci promet de conduire les Hobbits jusqu'à la Porte Noire du Mordor. À travers la Terre du Milieu, Aragorn, Legolas et Gimli font route vers le Rohan, le royaume assiégé de Theoden. Cet ancien grand roi, manipulé par l'espion de Saroumane, le sinistre Langue de Serpent, est désormais tombé sous la coupe du malfaisant magicien. Eowyn, la nièce du Roi, reconnaît en Aragorn un meneur d'hommes. Entretemps, les Hobbits Merry et Pippin, prisonniers des Uruk-hai, se sont échappés et ont découvert dans la mystérieuse Forêt de Fangorn un allié inattendu : Sylvebarbe, gardien des arbres, représentant d'un ancien peuple végétal dont Saroumane a décimé la forêt...