Rectify raconte l'histoire de Daniel Holden, qui est libéré après 19 ans de prison, grâce à de nouvelles analyses ADN le disculpant. Il n'avait que 18 ans quand il fut condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une jeune fille de 16 ans. Il retourne vivre auprès de sa famille, dans sa ville natale, où eut lieu le drame. Beaucoup d'habitants le croient néanmoins toujours coupable. Après avoir passé sa vie d'adulte à attendre la mort, il doit désormais réapprendre à vivre.

Dans les années 1970, Om Prakash (Shahrukh Khan), un jeune artiste, tombe amoureux d'une actrice reconnue, Shanti Priya (Deepika Padukone) avant de trouver la mort en essayant de sauver son amour. Om Prakash renaît sous le nom de Om Kapoor, fils d'un grand acteur. Hanté par les souvenirs de sa vie antérieure, il découvre la vérité sur sa mort et décide de se venger du meurtrier de Shanti.