Atteignant la soixantaine, Michael Corleone désire à la fois renouer avec les siens et se réhabiliter aux yeux de la société, surtout de l'Église. Il arrivera presque à ses fins, mais sa vie passée et ses anciens ennemis le rattraperont plus vite. Michael Corleone est fatigué. Il veut prendre ses distances avec les activités mafieuses de sa famille. Il veut convertir ces activités en affaires légales. Kay, son ex-femme, lui fait même accepter que leur fils devienne un chanteur d'opéra et ne reprenne pas les activités familiales. Pendant ce temps, la fille de Michael, Mary, et son neveu, le fils de Sonny, Vincent, nouent une idylle qui n'est pas la bienvenue dans la famille. Il décide d'aider le Vatican à renflouer ses caisses et reçoit en échange le contrôle d'une entreprise immobilière leur appartenant. Attisant la jalousie de ses pairs, Michael échappe de justesse à un attentat commis par l'un d'eux. Vincent se propose alors pour reprendre les affaires de la famille en main.

Au large des côtes irlandaises, la très riche Agnès McDonnell engage James Lynchehaun, un homme mystérieux, afin de s'occuper de la vaste propriété qu'elle y occupe. Malgré le caractère violent de James, Agnès tombe éperdument amoureuse de lui. C'est le début d'un engrenage infernal...

Le film commence sur l’abdication de 1814 de l'empereur Napoléon Bonaparte, après la campagne de France de 1814 et à la restauration de la monarchie française du roi Louis XVIII entre 1814 et 1824. Il retrace ensuite les Cent-Jours, la bataille de Waterloo de 1815 et l’affrontement entre les deux commandants en chef, le duc de Wellington et l'empereur Napoléon Ier à Waterloo en Belgique.

Dublin, janvier 1904. Comme tous les ans, les soeurs Kate et Julia Morkan ainsi que leur nièce Mary reçoivent leurs proches et amis pour célébrer l'Epiphanie. Parmi eux se trouvent Gabriel Conroy, le neveu des soeurs Morkan, et sa femme Gretta. Au gré des poèmes gaëliques, des chants, des danses et des plats qui se succèdent, les convives entretiennent de joyeuses conversations de salon et commencent à évoquer les chers disparus, célèbres ou inconnus...