À New York, par un été caniculaire, un violent accident de voiture cause la mort de deux personnes, dont le frère d'un ancien criminel nazi planqué en Amérique du Sud, Christian Szell, qui se trouvait aux États-Unis afin d'y récupérer un vieux trésor de guerre. Cet accident va avoir des répercussions sur le quotidien tranquille de Thomas Levy, brillant étudiant en Histoire surnommé "Babe" par son entourage, et qui s'entraine d'arrache-pied en vue de courir un marathon. En effet, son grand frère Henry "Doc", membre d'une organisation secrète du Gouvernement américain, est dans la ligne de mire de Szell. Dès lors, "Babe" va devoir courir pour sauver sa peau, tout en cherchant à comprendre pourquoi il est lui aussi devenu une cible à éliminer.
Inspiré de la célébré bande dessinée « Little Orphan Annie », créée en 1924 par Harold Gray, « Annie » raconte l'histoire d'une orpheline de 10 ans qui doit se battre contre la méchanceté et le despotisme de ses geôliers. Sa rencontre avec le milliardaire Olivier Wabucks va renverser la situation.
En pleine guerre froide, un adolescent pirate sans le savoir le système informatique militaire américain : le NORAD. Ce système est géré par une intelligence artificielle appelée WOPR (pour War Operation Plan Response) et manque de déclencher, en faisant passer le niveau de sécurité américain à DEFCON 1, une guerre thermonucléaire globale contre le bloc de l'Est.