En 2018, lors d’une mission sur la Lune, des astronautes américains se font attaquer par des soldats sortis de nulle part. Ramenés pour certains dans leur base située sur la face cachée du satellite terrestre, ils découvrent qu’il s’agit en fait de nazis, préparant leur retour sur la Terre...

Vingt ans après les événements de Iron Sky, l'ancienne base lunaire nazie est devenue le dernier refuge de l'humanité. La Terre a été ravagée par une guerre nucléaire. Cependant, enterrée profondément sous le désert, existe une puissance qui pourrait sauver ce qui reste de l'humanité... ou la détruire une fois pour toutes.