Lorsqu’un groupe de promoteurs décide de racheter le quartier des Goonies (les crétins) pour le démolir et construire un parcours de golf, ces derniers décident de se faire une dernière virée ensemble. Ils suivent une vieille carte au trésor qui les mène dans une série de cavernes souterraines construites au XVIIe siècle par un pirate légendaire nommé Willy‐le‐Borgne. Les Fratelli, famille de criminels recherchée par la police, sont aussi à la recherche du trésor.

Scooby-Doo et Sammy sont employés comme professeurs dans un collège spécialisé pour les enfants de monstres. D'abord terrorisés, nos héros finissent par s'attacher à leurs élèves et quand un groupe est enlevé par la sorcière Reevolta, ils volent à leur rescousse ...