L’accession au pouvoir du cardinal catalan Rodrigue Borgia et de son clan, qui s’efforcèrent d’instaurer une dynastie pour exercer leur domination sur le monde. Bien qu’étant un homme de foi, Rodrigue était aussi esclave des plaisirs charnels. Il devait non seulement déjouer les complots et les conspirations de ses collègues cardinaux et des représentants des grands pouvoirs, mais aussi mener une lutte pour contenir les rivalités qui menaçaient de déchirer sa famille.

En décembre 1942, les services secrets anglais reçoivent des rapports faisant état de la mise au point par les Allemands de nouvelles armes dévastatrices (V1). Le professeur Lindemann, conseiller scientifique de Winston Churchill, se montre des plus sceptiques quant à la réalité de l'information et les Alliés concluent un peu trop hâtivement à une manœuvre d'intoxication. Des savants, placés sous les ordres du général Ziemann, se livrent pourtant bel et bien à des essais de nouvelles bombes volantes dans la base secrète de Peenemünde, sur les bords de la mer Baltique. Afin de déterminer la nature exacte des recherches allemandes et faciliter la destruction des installations de Peenemünde, trois agents sont recrutés au sein des forces alliées. Scientifiques de formation et experts en langues étrangères, ils ont pour mission de se faire passer pour des ingénieurs pro-nazis (entretemps décédés, ce que les Allemands, désespérément à la recherche d'experts en balistique, semblent ignorer).

En 1941, Kubis, Curda et Gabcik, d'origine tchèque, se sont réfugiés à Londres. Ils s'y préparent pour une mission de la plus haute importance : l'assassinat de Reinhard Heydrich, qui n'est ni plus ni moins que le bras droit d'Hitler. Parachutés en pleine campagne tchèque, ils entrent en contact avec la résistance locale.

Atteignant la soixantaine, Michael Corleone désire à la fois renouer avec les siens et se réhabiliter aux yeux de la société, surtout de l'Église. Il arrivera presque à ses fins, mais sa vie passée et ses anciens ennemis le rattraperont plus vite. Michael Corleone est fatigué. Il veut prendre ses distances avec les activités mafieuses de sa famille. Il veut convertir ces activités en affaires légales. Kay, son ex-femme, lui fait même accepter que leur fils devienne un chanteur d'opéra et ne reprenne pas les activités familiales. Pendant ce temps, la fille de Michael, Mary, et son neveu, le fils de Sonny, Vincent, nouent une idylle qui n'est pas la bienvenue dans la famille. Il décide d'aider le Vatican à renflouer ses caisses et reçoit en échange le contrôle d'une entreprise immobilière leur appartenant. Attisant la jalousie de ses pairs, Michael échappe de justesse à un attentat commis par l'un d'eux. Vincent se propose alors pour reprendre les affaires de la famille en main.