Alice a survécu à l'effroyable cauchemar qui a dévasté le complexe scientifique ultra-secret d'Umbrella Corporation, mais elle n'est pas la seule à en être ressortie... Un virus mortel s'est abattu sur la ville de Raccoon et rien ne semble pouvoir lui échapper. Avec un groupe de survivants, Alice, dont le métabolisme a mystérieusement été modifié, doit affronter le pire. Certes, elle a gagné de nouveaux pouvoirs, elle est plus puissante, ses sens sont surmultipliés et sa dextérité est hallucinante, mais ça ne sera pas forcément suffisant... Elle est rejointe dans son combat par Jill Valentine, un ancien membre des forces spéciales d'Umbrella. Ensemble, elles vont tenter de résoudre les énigmes et faire face à une force maléfique, un ennemi absolu lancé sur leurs traces. Son nom ? Némésis. Son but ? Éliminer toute vie...
Personne ne peut expliquer comment tout cela est arrivé, mais ce matin, le monde n'est plus qu'un immense cauchemar. La population de la planète se résume désormais à une horde de morts vivants assoiffés de sang et lancés à la poursuite des derniers êtres humains encore en vie. Après avoir miraculeusement réussi à s'échapper de son quartier, Ana Clark se barricade avec un petit groupe de survivants dans un centre commercial. André et sa femme enceinte, Michael et Kenneth, officiers de police, vont tout faire pour rester vivants. Alors que dehors, la situation est de pire en pire, à l'intérieur, il faut aussi faire face aux peurs et aux démons de chacun.
Dans un avenir pas si lointain, une poignée de survivants barricadés dans une ville bunker vit encore dans le souvenir de l'ancien monde... Des zombies, qui désormais pensent et communiquent, s'organisent pour prendre d'assaut la ville bunker. Kaufman, autoproclamé chef des vivants, engage un commando de mercenaires pour contrer les attaques de ces morts-vivants d'un genre nouveau...
La centrale nucléaire de Tromaville a laissé sa place à une usine agro-alimentaire, fabriquant notamment des tacos, et distribués à la cantine dans le collège de la ville. Les tacos radioactifs vont provoquer une série de mutations chez les élèves et une confrontation avec une bande de lycéens libertaires.