Au Japon, sur l'île de Kyushu, deux frères sont séparés après le divorce de leurs parents. L'aîné, Koichi, âgé de 12 ans, part vivre avec sa mère chez ses grands-parents au sud de l'île, tout près de l'inquiétant volcan Sakurajima. Son petit frère, Ryunosuke, est resté avec son père, guitariste rock, au nord de l'île. Koichi souhaite par-dessus tout que sa famille soit à nouveau réunie - même si cela doit passer par l'éruption dévastatrice du volcan !Lorsqu'un nouveau TGV relie enfin les 2 régions, Koichi, son jeune frère organisent clandestinement un voyage avec quelques amis jusqu'au point de croisement des trains, où un miracle pourrait, dit-on, se produire... Verront-ils se réaliser leurs voeux secrets ?

Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit...

Douze garçons et filles se rassemblent dans un hôpital abandonné pour mourir pour diverses raisons. Là, ils trouvent le corps d'un garçon mort. Les 12 garçons et filles tentent de retrouver la personne qui a tué le garçon. Au cours de leur recherche, les raisons pour lesquelles ils veulent mourir sont révélées.

Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.

Durant la dynastie Qin, pendant la période des états belligérants dans la Chine ancienne, Shin était un orphelin de guerre. Il rêve de devenir un grand général. Shin rencontre le jeune roi Eisei qui vise à unifier toute la Chine.