« M'étant séparé de mon moi illusoire, j'ai cherché désespérément un sentier et un sens pour la vie. » Cette phrase définit parfaitement le projet biographique d'Alexandro Jodorowsky : restituer l'incroyable aventure et quête que fut sa vie. Le film est un exercice d’autobiographie imaginaire. Né au Chili en 1929, dans la petite ville de Tocopilla, où le film a été tourné, Alejandro Jodorowsky fut confronté à une éducation très dure et violente, au sein d’une famille déracinée. Bien que les faits et les personnages soient réels, la fiction dépasse la réalité dans un univers poétique où le réalisateur réinvente sa famille et notamment le parcours de son père jusqu’à la rédemption, réconciliation d’un homme et de son enfance.

Dans une ville côtière du Chili, des prêtres marginalisés par l’Eglise vivent ensemble dans une maison. L’arrivée d’un nouveau pensionnaire va perturber le semblant d’équilibre qui y règne.

1948, la Guerre Froide s'est propagée jusqu'au Chili. Au Congrès, le sénateur Pablo Neruda critique ouvertement le gouvernement. Le président Videla demande alors sa destitution et confie au redoutable inspecteur Óscar Peluchonneau le soin de procéder à l'arrestation du poète. Neruda et son épouse, la peintre Delia del Carril, échouent à quitter le pays et sont alors dans l'obligation de se cacher. Neruda joue avec l'inspecteur, laisse volontairement des indices pour rendre cette traque encore plus dangereuse et plus intime. Dans ce jeu du chat et de la souris, il y voit l'occasion de se réinventer et de de devenir à la fois un symbole pour la liberté et une légende littéraire.

Chili, 1986, en pleine dictature de Pinochet. Par amour pour un révolutionnaire idéaliste qu’il vient de rencontrer, un travesti sur le déclin accepte de cacher des documents secrets chez lui. Ils s’engagent tous deux dans une opération clandestine à haut risque.