Phoenix Wright est un jeune avocat qui, pour ces premières affaires, doit prouver l’innocence de ses clients malgré d’énormes embûches.

Kei Nagai meurt dans un accident de voiture mais son corps est récupéré et son cerveau est relancé. Après l'accident, Kei apprend qu'il est un type d'immortel connu sous le nom de ajin (demi-humain). Ajin est considéré comme dangereux par les humains. Kei est recruté par le gouvernement et envoyé dans un centre de recherche. Là, il est détenu et subit des expériences douloureuses. Sato est aussi un ajin mais lui est un terroriste. Kei ne veut pas participer aux projets de Sato qui consistent à commettre des meurtres de masse contre des humains.

Emma, Norman et Ray coulent des jours heureux à l'orphelinat Grace Field House. Entourés de leurs petits frères et sœurs, ils s'épanouissent sous l'attention pleine de tendresse de « Maman », qu'ils considèrent comme leur véritable mère. Mais tout bascule le soir où ils découvrent l'abominable réalité qui se cache derrière la façade de leur vie paisible ! Ils doivent s'échapper, c'est une question de vie ou de mort !