Rêves d'androïde est une réinterprétation du conte de Pinocchio. Le film raconte l'histoire d'une petite marionnette, Palme, que son créateur a chargé de prendre soin de son épouse souffrante, Xian. Après la mort de celle-ci, Palme reçoit la visite d'une femme mystérieuse qu'il confond avec Xian. En proie à la tristesse, Palme accepte à sa demande de livrer quelque chose de spécial en un lieu lointain dénommé Tama. Palme se trouve ainsi embarqué dans un voyage à la découverte de ses propres émotions, et de ce que recèle la nature humaine.
Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract. Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari…
« The End of Evangelion » est un film divisé en deux parties (« Love is Destructive » et « One More Final: I need you ») proposant une conclusion alternative à de la série « Neon Genesis Evangelion ». Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges, est assailli par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVA. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.