Lightning Point est une station balnéaire où débarque un vaisseau spatial, avec à son bord deux extraterrestres nommées Zoey et Kiki. Les deux aliens sont fascinées par l'océan et ses vagues, qui n'existent pas sur leur planète. Elles ne tardent pas à s'emparer d'un surf et commencer à se passionner pour la glisse sur l'eau.

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.

Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête...

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.