Depuis la mort de son père, Yona vit seule avec sa mère. Chaque soir, elle parcourt les rues habillée d'un costume de pingouin, certaine qu'elle finira par voler comme son père le lui avait promis. Une nuit, elle rencontre une étrange marionnette, qui l'entraîne jusqu'à un village de Gobelins. Les Gobelins sont persuadés qu'elle est l'oiseau sans ailes qui viendra un jour les sauver...

Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.

Afin de progresser, Son Goku demande à Kamé Sennin s'il peut être son disciple. Peu de temps après, un prénommé Krilin fait son apparition auprès du maître et lui fait la même demande. Kamé Sennin annonce alors qu'il acceptera de les prendre comme élèves s'ils leur ramènent la princesse endormie du château du démon. Krilin et Son Goku se lancent dans une aventure au cours de laquelle va naître une amitié des plus fortes...