L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...

Kôichi, jeune écolier en quatrième année de primaire, découvre une pierre bien étrange dans le lit asséché d'une rivière et la rapporte à la maison. Alors qu'il décide de laver ce précieux trophée, un étrange animal en sort. Surprise, c'est un kappa, un esprit de l'eau.La famille de Kôichi appelle ce kappa Coo et décide d'en prendre soin. Toutefois, la rumeur de la présence de Coo ne tarde pas à se propager et toute la ville ne parle plus que de lui. Coo, inquiet d'ennuyer la famille de Kôichi, décide de partir. L'aventure de Coo à la recherche d'autres kappa commence.

Lorsqu'elles apprennent que l'une d'entre elles est atteinte d'un cancer, cinq amies consacrent leurs vacances annuelles à élargir leurs horizons, un défi à la fois.