Inspirée des best-sellers de Jay Asher, 13 Reasons Why suit Clay Jensen, un adolescent qui découvre sous son porche au retour du lycée une mystérieuse boîte portant son nom. À l'intérieur, des cassettes enregistrées par Hannah Baker, une camarade de classe qui s'est tragiquement suicidée deux semaines auparavant. Les enregistrements révèlent que la jeune fille, dont il était amoureux, a décidé de mettre fin à ses jours pour treize raisons. Clay est-il l'une de ces raisons ?

Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.