Vingt-cinq années se sont écoulées depuis qu'Alec Mason a conduit les colonies martiennes vers la liberté. Pourtant, 12 ans plus tôt, les ennemis des colonies sont revenus par vengeance, ont tué sa femme et kidnappé sa fille Lyra. Jake Mason, le dernier fils d'Alec est devenu officier dans la milice Red Faction lorsqu'il découvre que sa sœur est toujours vivante toutes ces années après son enlèvement. Jake décide de partir à sa recherche mais il découvre que sa sœur fait partie des ennemis de Red Faction et qu'elle a juré, en tant que soldat, de les détruire et de conquérir Mars.

A la fin des années 70, lorsqu'un escadron de chasseurs MIG 23 abat un objet non identifié, les débris sont envoyés dans une zone ultra secrète de la Tussier. Des chercheurs vont essayer de comprendre ce à quoi ils sont confrontés.Une trentaine d'années plus tard, l'Union Soviétique n'existe plus mais les informations se sont échappées un peu partout dans le monde de manière officieuse. Le résultat, c'est la destruction d'une petite ville de l'Iowa puis une autre dans la l'est de la Russie...

Une substance à très haute dangerosité est transportée à bord du plus grand tanker jamais construit. Au moment où il traverse la fosse des Îles Mariannes - l'une des régions les plus redoutables du Pacifique - le navire est victime d'un tremblement de terre et de vagues sans précédent...