En 1937 en Chine, un thanatopracteur (Bale) se prépare à enterrer le prêtre d'un couvent mort durant la bataille de Nankin. Seul adulte, il se retrouve malgré lui à protéger les jeunes orphelines du couvent et des prostituées s'y étant réfugié des exactions de l'armée impériale japonaise…

Un tremblement de terre frappe le Japon, entraînant l'explosion d'une centrale nucléaire. Dans un village proche de la catastrophe, les autorités tracent un périmètre de sécurité avec une bande jaune qui coupe en deux la localité. Une sorte de ligne de démarcation absurde, entre danger bien réel et sécurité toute théorique. Au sein de la famille Ono, les parents, âgés, choisissent de rester. Leur fils et son épouse acceptent d'être évacués pour fuir la radioactivité…

Depuis des milliers d’années, l’Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu’à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d’étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d’où elles viennent, mais ce qui semble certain, c’est qu’elles sont là pour débarrasser le monde de l’espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d’attachement particulier.

Hasumi Seiji est un professeur d'anglais adoré par ses élèves, qui le surnomment affectueusement Hasumin, et respecté de ses collègues et de sa hiérarchie qui s'appuie souvent sur lui pour régler les différents incidents qui surgissent au sein du lycée. Mais derrière ce masque d'homme parfait se cache en fait un dangereux psychopathe prêt à tout pour faire tourner les choses à sa convenance. Capable d'élaborer les plans les plus machiavéliques pour éliminer les personnes qui le gênent, il se retrouve piégé par l'escalade de violence qu'il a lui-même initiée. Il ne lui reste alors plus qu'une seule solution pour s'en sortir : massacrer tous ses élèves.