Java 1942 : un camp de prisonniers est dirigé par le capitaine Yonoi, un chef japonais à la poigne de fer. À la crainte et au mépris qu'éprouvent les prisonniers et les subalternes du capitaine à l'endroit de ce dernier, s'oppose la résistance étonnante d'un soldat anglais, Jake Celliers. Face à son attitude provocante, Yonoi devient de plus en plus sévère dans le but de faire plier le rebelle.

Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?