Argonville, une cité kryptonienne qui a été transportée dans "l'espace du dedans", un univers de poche, peu après la destruction de Krypton, a perdu sa principale source d’énergie, l’omégaèdre, par la faute de la jeune Kara. Celle-ci traverse la "chute binaire" qui mène de l'espace du dedans au grand espace et vient sur la Terre pour récupérer cette boule magique créée par Zaltar et tombée entre-temps aux mains de la sorcière Selena, qui veut utiliser sa puissance pour dominer le monde. En attendant de pouvoir localiser l'omégaèdre, Kara s'intègre aux humains en s'inscrivant au collège sous le nom de Linda Lee. Peu après, Selena cherche à enlever un jeune homme du nom d'Ethan, afin qu'il tombe amoureux d'elle. C'est alors que Kara se change en Supergirl et le sauve.
Bien décidé à exterminer les descendants des parents qui l'avaient brulé dans le passé, l'épouvantable Freddy, à nouveau ressuscité, s'apprêtent à revêtir les tenues les plus perverses pour pénétrer dans les rêves de ses prochaines victimes. Mais c'était sans compter sur Alice, elle aussi capable de s'introduire dans les rêves de ses amis pour faire face au redoutable croquemitaine...
Lex Luthor, toujours décidé à anéantir Superman, décide de créer son propre super‐héros. Cet androïde, né d’une mèche de cheveux de Superman et alimenté par l’énergie solaire, est une arme destinée à tuer. Il permettra ainsi à Lex Luthor de réaliser en toute liberté ses plans les plus criminels.
En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.
Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l’immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d’aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d’homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
L'autopsie de Sadako révèle qu'elle est restée près de trente ans vivante, murée dans son puits. Ni la découverte de son cadavre, ni la destruction de la cassette vidéo maudite sur laquelle son image apparaissait ne semblent en mesure de stopper sa soif de vengeance.Désormais, le petit Yoichi, ayant survécu à la vision de la vidéo maléfique, est le seul à pouvoir lutter contre Sadako. En se voyant doté de pouvoirs psychiques, il est tombé dans un mutisme radical. Pour remédier à cela, une mathématicienne va tenter de chasser ses démons.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...