Dans les années 1950, une expédition en Amazonie découvre, grâce à des preuves fossilisées datant du Dévonien, un lien entre la terre et les animaux marins. Le chef de l'expédition Carl Maia rend alors visite au Dr David Reed, un ichtyologiste qui travaille dans un institut de biologie marine, qui persuade à son tour le Dr Williams de financer les recherches pour retrouver d'autres preuves.
Ben Crandall est un jeune garçon passionné par les extra-terrestres, vivant dans la banlieue de Washington. Il aime regarder de vieux films de science-fiction, et fait chaque nuit des rêves étranges dans lesquels il voit un gigantesque circuit imprimé. Avec l'aide de ses amis Wolfgang et Darren, ils parviennent à reproduire ce circuit et découvrent qu'il sert à développer un champ de force. À l'aide de celui-ci et de matériaux récupérés de la casse du père de Darren, ils construisent un vaisseau spatial qu'ils baptisent « Thunder Road » en référence à la chanson de Bruce Springsteen.
L'ignoble Freddy a encore trouvé un moyen pour venir hanter les cauchemars des enfants de Elm Street : il se réincarne dans le bébé qu'attend Alice, celle qui l'avait pourtant vaincu dans le précédent épisode. Il arbore à nouveau crânement son chapeau, son pull rayé et ses longues griffes aiguisées et Alice aura fort à faire pour le ramener dans le sinistre asile psychiatrique où il fut conçu.
Apres avoir lancé un message à travers l'espace sur l'existence de notre espèce, une équipe scientifique reçoit la réponse vingt ans plus tard sous la forme d'un échantillon d'ADN extraterrestre. Sous la direction du docteur Xavier Fitch, les Américains tentent en secret une expérience de fécondation.
Une équipe composée du psychologue Norman Goodman, de son ancienne compagne, la biochimiste Beth Halperin, du mathématicien Harry Adams et de l'astrophysicien Ted Fielding est dépêchée en grand secret sur un bâtiment de guerre. Cette équipe pluridisciplinaire est préparée pour communiquer avec d'éventuels extraterrestres. La marine vient en effet de repérer, gisant par trois mille mètres de fond, un immense vaisseau spatial d'où émanent de mystérieux signaux.
Finnegan, aventurier et mercenaire au long cours, sillonne la mer de Chine aux commandes du Saipan, une vieille vedette qu'il loue fréquemment à des contrebandiers et petits trafiquants sans trop s'interroger sur les intentions de ses clients. C'est ainsi qu'une nuit Finnegan, son second et le mécanicien tombent aux mains de leurs passagers métamorphosés en un commando armé jusqu'aux dents. Leur but: investir, dévaliser et torpiller l'Argonautica, un luxueux paquebot croisant dans les environs.