L’an 2274. En apparence, le Sanctuaire est un véritable paradis. Ses habitants, néanmoins, n’ont pas le droit d’en sortir. Ceux qui ont l’audace d’aller voir ailleurs sont systématiquement traqués et supprimés. De plus, une sorte de malédiction condamne la population à mourir à l’âge de 30 ans. Les citoyens qui atteignent cet âge sont éliminés au rayon laser. On parle d’une sélection qui permettrait à certains de renaître, mais nul n’est là pour en témoigner. Aussi les moins dociles préfèrent‐ils prendre la fuite avant le jour fatal. Logan est de ceux‐là. Cédant à la curiosité, il s’échappe un jour de la cité pour voir à quoi ressemble ce vaste monde qu’on lui cache depuis sa naissance…
Ben Crandall est un jeune garçon passionné par les extra-terrestres, vivant dans la banlieue de Washington. Il aime regarder de vieux films de science-fiction, et fait chaque nuit des rêves étranges dans lesquels il voit un gigantesque circuit imprimé. Avec l'aide de ses amis Wolfgang et Darren, ils parviennent à reproduire ce circuit et découvrent qu'il sert à développer un champ de force. À l'aide de celui-ci et de matériaux récupérés de la casse du père de Darren, ils construisent un vaisseau spatial qu'ils baptisent « Thunder Road » en référence à la chanson de Bruce Springsteen.
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
Planète Terre, futur indéterminé. Choisi à la naissance pour ses qualités physiques et intellectuels, un humain devient, à force d'entraînement, le prototype du soldat apte à protéger la société. Mais la génération dont est issu le soldat (le sergent Todd) est bientôt remplacée par une nouvelle. Todd ne se résigne pas à disparaître et organise la résistance contre ces soldats d'un nouveau genre qui menacent l'équilibre même de la planète.
Excédé par l’injustice de son gouvernement, le Général Hummel se rend maître de l’île d’Alcatraz et menace de lancer un gaz mortel sur San Francisco. Deux hommes sont chargés de le contrer : un expert en armes chimiques, Stanley Goodspeed, et John Patrick Mason, l’unique prisonnier à s’être évadé d’Alcatraz… Ils se rendent ensemble sur l’île afin de stopper les projets destructeurs du Général.