Dans une guerre abstraite en terre inconnue, une patrouille militaire de quatre hommes, le lieutenant Corby, le sergent Mac et deux soldats, Fletcher et Sidney, se retrouvent derrière les lignes ennemies après que leur avion se soit écrasé. Ils avancent dans la forêt, surprennent deux militaires ennemis et les massacrent. Puis ils rencontrent une jeune fille et, craignant qu'elle ne les dénonce, l'attachent à un arbre. Pendant que ses trois camarades vont vers la rivière construire un radeau qui, espèrent-ils, les ramènera chez eux, Sidney garde la jeune femme. Il se révèle alors avoir l'esprit dérangé, autant à cause des violences de la guerre que de son désir naissant envers la prisonnière...
La harpe chantante possède le don d'offrir la joie, la beauté et le bonheur autour d'elle, protégeant la Vallée enchantée. Mais une sombre nuit, elle est enlevée par un inconnu. La vallée n'étant plus protégée par un charme, elle périclite. Mickey revient du village et déclare avoir acheté des haricots magiques, ce qui déplait à Donald. Mickey devait les planter à la pleine lune. Les haricots poussent une fois la nuit tombée. La maison est alors emmenée dans les nuages, ses occupants endormis risquant de tomber à maintes reprises. À leur réveil, ils se retrouvent face à un château au milieu des nuages.
Embers se déroule plus d'un dizaine d'années après Assassin's Creed: Revelations et suit un Ezio Auditore plus vieux, qui vit maintenant à Florence avec sa famille : sa femme, Sofia Sartor, avec laquelle il a eu un fille, Flavia et un fils, Marcello. Ezio sent son heure arriver et ne sait comment dire adieu à sa femme.