En 1999, la Terre entrepose ses déchets nucléaires sur la Lune où est déjà installée la base lunaire "Alpha". Le 13 septembre, une explosion de ces stocks provoque une telle réaction en chaîne que la Lune quitte l’orbite terrestre puis le système solaire. Dans l’incapacité de regagner la Terre, les 311 survivants commandés par le charismatique commandant Koenig, errent sur l’astre dans le cosmos et affrontent toutes sortes de dangers.
Après avoir inventé un tunnel permettant de voyager dans le temps (le chronogyre), deux chercheurs, Tony Newman et Doug Phillips, en deviennent prisonniers. Dans l'impossibilité de regagner leur époque, ils sautent d'une période à l'autre, assistant à des événements passés (le naufrage du Titanic, le siège de Troie, l'attaque de Pearl Harbor...) ou futurs, tandis que leurs collègues tentent de les faire revenir.
À Boston, le “Cheers” est un bar tenu par Sam Malone, un ancien joueur de base-ball et alcoolique repenti. Au quotidien, le comptoir voit défiler nombre de piliers, à l’instar de Norm, Cliff ou Frasier. Entre deux chopes de bière, clients et employés méditent sur leurs vies sentimentales et professionnelles, se lancent des défis, comme des bouées de sauvetage. Au Cheers, l’une des serveuses se prénomme Diane. Abandonnée par son fiancé, la jeune femme un peu snob prend un virage à 90° en rejoignant Sam derrière le bar. Elle doit surtout composer avec Carla, l’une des historiques des lieux.
À bord de l'USS Enterprise, vaisseau de la Fédération des Planètes Unies, l'amiral James T. Kirk accomplit une mission d'inspection de routine. Il reçoit un appel urgent du laboratoire spatial Regular One. Khan, brillant renégat et vieil ennemi de Kirk, s'est emparé d'un dispositif ultrasecret : le projet « Genesis ». À la tête d’une bande de surhommes génétiquement améliorés, Khan menace l’Univers entier…
San Francisco, deux hommes s'affrontent. Jack Cates, flic depuis 15 ans maintenant, et toujours simple inspecteur, dont la réputation laisse parfois à désirer. Reggie Hammond, noir des ghettos, est un truand professionnel dont la passion depuis l'âge de 5 ans est d'arnaquer et de sourire aussi. Il n'aime pas qu'on lui marche sur les pieds, ni qu'on le balance...
Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans...