La vie de Thomas Veil, photographe à succès, est anéantie du jour au lendemain. Un soir, alors qu'il dîne au restaurant avec son épouse, il se rend aux toilettes et à son retour à table, d'autres convives, les serveurs ne le reconnaissent plus.Revenant chez lui, son épouse, accompagnée d'un autre homme, nie l'avoir jamais rencontré. Ses cartes de crédit ne fonctionnent plus, son meilleur ami meurt et sa mère victime quelque temps auparavant d'une attaque cérébrale est incapable d'attester de son existence, même son identification par l'administration fédérale semble n'avoir jamais laissé trace.Suivi par des hommes vraisemblablement dangereux, Thomas Veil pense que cette traque a un rapport avec une photographie qu'il a faite un an plus tôt et qui montre la pendaison de quatre hommes en Amérique du Sud par des soldats américains. Toujours en possession du négatif, il fuit, se méfiant de tous, tentant de rassembler les preuves de sa propre existence et de cerner les motifs de l'organisation capable d'une machination à si grande échelle.Sa vie plonge alors progressivement dans la paranoïa jusqu'au point qu'il s'aperçoit qu'il n'est peut-être pas qui il croit avoir été jusqu'alors...
Partout dans le monde, un certain nombre d'individus en apparence ordinaires se révèlent dotés de capacités hors du commun : la régénération cellulaire, la téléportation, la télépathie... Ils ne savent pas ce qui leur arrive, ni les répercussions que tout cela pourrait avoir. Ils ignorent encore qu'ils font partie d'une évolution qui va changer le monde à jamais !
Ross Webster, patron d’une puissante société, découvre les talent cachés de l’informaticien Gus Gorman, véritable génie dans son domaine. Webster décide d’exploiter les dons de son employé, afin de prendre le contrôle de l’économie mondiale et d’anéantir Superman à l’aide d’une Kryptonite synthétique.
Angela Bennett est une informaticienne très douée. Omnubilée par la science de l'informatique, elle ne sort que rarement de chez elle, préférant communiquer via internet. Un jour, elle reçoit des informations ultra secrètes d'un ami qui se fait assassiner quelques heures après la réception du message. Angela se retrouve bientôt traquée par un commando inconnu. Obligée de fuir, elle doit se confronter à la réalité du monde extérieur. Sa fuite la mène à l'étranger où elle perd toute identité civile...
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
Dade Murphy, un adolescent, est arrêté par les services secrets pour avoir créé un virus informatique et est condamné à ne plus utiliser un ordinateur jusqu'à son dix-huitième anniversaire. Quelques années plus tard, lui et ses amis découvrent qu'un virus très dangereux est en passe de se propager sur tout le réseau. Ils vont tenter de stopper son extension.
Jimmy Dove, spécialiste du déminage, est un des meilleurs éléments de la police de Boston. Mais en réalité il a fuit l'Irlande après avoir provoqué un massacre - chez ses amis séparatistes - en voulant prévenir un attentat. Des années plus tard, son ancien chef débarque, bien décidé à se venger...
Pour se faire pardonner de lui avoir caché son appartenance à l'anti-gang, le nouveau fiancé d'Annie l'emmène faire une croisière paradisiaque aux Caraïbes. Mais tout cela ne va pas se passer exactement tel qu'Annie le souhaitait. Un dangereux, mais génial, informaticien a décidé de prendre les commandes du paquebot et de le transformer en terrible machine de destruction.
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...