Bien que les mers recouvrent plus des deux tiers de notre planète, nous connaissons mieux la surface de la lune que les fonds des océans. La Planète bleue est un étonnant voyage d'une infinie richesse dans le monde marin. Des espèces inconnues vivant à des profondeurs jamais atteintes par l'homme, en passant par la naissance des crabes, la lutte des bancs de sardines contre les prédateurs de la mer et des airs, les réunions incongrues des manchots, les jeux cruels des orques, sans oublier les ballets des dauphins ou les balades majestueuses des baleines en voie d'extinction, ce film tout public nous invite à un voyage qui rapproche le spectateur de tout âge de la nature.
Les moments les plus passionnants d'une série d'expéditions étudiant les sources des grands fonds, l'un des environnements les plus extrêmes de notre planète. On y rencontre certaines des créatures les plus étranges de la Terre. Cette aventure nous place face à ce que pourrait être la vie sur d'autres planètes.
Rebecca et Cyril Wilson sont des jumeaux, fille et garçon du reporter Wilbur Wilson. Ce dernier est marié à Marissa Cortez, sans savoir qu'elle est un ancien agent de l'OSS (Organization of Super Spies). L'OSS est devenu l'agence d'espions n°1 depuis la fermeture de la division Spy Kids. Alors qu'un méchant Oni surnommé le « Timekeeper » menace la Terre, Marissa est rappelée par le chef de l'OSS. Cyril et Rebecca sont alors recrutés par l'agence et doivent faire équipe malgré leurs différents avec leur belle-mère. Ils seront aidées par Juni et Carmen Cortez, anciens agents Spy Kids...