Vingt-cinq années se sont écoulées depuis qu'Alec Mason a conduit les colonies martiennes vers la liberté. Pourtant, 12 ans plus tôt, les ennemis des colonies sont revenus par vengeance, ont tué sa femme et kidnappé sa fille Lyra. Jake Mason, le dernier fils d'Alec est devenu officier dans la milice Red Faction lorsqu'il découvre que sa sœur est toujours vivante toutes ces années après son enlèvement. Jake décide de partir à sa recherche mais il découvre que sa sœur fait partie des ennemis de Red Faction et qu'elle a juré, en tant que soldat, de les détruire et de conquérir Mars.
Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.
En 1957, une ville de province allemande renaît de ses cendres. Le miracle ne va pas sans quelques entorses aux grands principes soigneusement réaffirmés après le cauchemar nazi. Ainsi le véritable maître de la ville est-il un certain Schuckert, un entrepreneur jovial et rusé, qui méprise souverainement les règlements de la construction et reçoit le soir les notables corrompus de la ville dans le bordel que dirige sa maîtresse, Lola. L'État, conscient de cette situation, nomme un nouveau directeur en la personne de von Bohm. Celui-ci, intègre, tente de lutter contre la corruption. Il fait alors la rencontre de Lola, qu'il prend pour une personne intègre…